Bordo mavili takım ile 18 Ağustos 2014 tarihinde sözleşme imzalayan 27 yaşındaki futbolcunun sözleşmesi 31 Mayıs 2017 tarihi itibariyle sona eriyor. Ekici'nin, 17 Haziran'da başlayacak resmi transfer dönemiyle birlikte ön protokol imzaladığı iddia edilen Fenerbahçe'ye transfer olması bekleniyor. Mehmet Ekici Trabzonspor formasıyla çıktığı 83 maçta 18 gol ve 16 asistlik performans sergilemişti.